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基孔肯雅热与登革热的主要区别在于病原体、典型症状及并发症特征。
基孔肯雅热由基孔肯雅病毒引起，主要通过埃及伊蚊和白纹伊蚊传播，典型症状为突发高热伴随剧烈关节痛，尤其是手、腕、踝关节，疼痛可持续数周至数月。登革热由登革病毒引发，传播媒介相同，但以高热、剧烈头痛、眼后痛、肌肉痛和皮疹为显著表现，部分患者可能出现登革出血热或休克综合征等严重并发症。两种疾病均无特效抗病毒药物，治疗以对症支持为主。
二者在临床表现上存在差异：基孔肯雅热的关节痛比登革热更突出且持续时间长，而登革热更易出现皮肤瘀点、鼻出血等出血性症状。实验室检测需通过病毒核酸检测或血清学方法区分病原体。预防措施均为防蚊灭蚊，目前登革热有疫苗可用，基孔肯雅热尚无疫苗。
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