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急性肠胃炎发作期通常不需要立即做胃镜，症状缓解后若有异常需考虑检查。
急性肠胃炎多由细菌、病毒或食物中毒引发，胃镜可能刺激胃肠道加重呕吐腹痛。发病初期以补液、止泻及抗感染治疗为主，胃镜无法改变急性期治疗方案。但若出现呕血、黑便或药物治疗3天后仍持续上腹痛，需胃镜排查胃溃疡、消化道出血等并发症。40岁以上患者首次发作伴消瘦症状时，建议康复后安排胃镜排除肿瘤可能。
胃镜检查应在呕吐停止、能正常进食后2-4周进行，避免黏膜充血水肿影响观察准确性。检查前需空腹6小时以上，急性期禁做胃镜以防误吸风险。儿童或耐受力差者优先选择粪便检测、血液生化等无创检查。反复发作的肠胃炎患者，胃镜能帮助鉴别慢性胃炎、胆汁反流等潜在病因，但急性炎症期强行检查可能造成黏膜二次损伤。
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