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支原体感染的症状有很多种，与感染部位有关。
当支原体感染肺部时，会出现支原体肺炎症状，主要表现为患者出现发热、咽痛、头痛、鼻塞流涕、乏力、肌肉酸痛的全身不适表现，并且患者还会伴有剧烈的干咳等。对于幼年患者，还可能会有明显的耳痛、鼻咽炎，局部会出现疱疹，胸骨下疼痛，少数幼年患者可能会出现呼吸困难甚至急性呼吸窘迫综合征等。
当支原体感染泌尿生殖系统时，患者会表现出尿频、尿痛、排尿困难等现象，部分患者会因支原体逆行感染而出现膀胱炎等疾病。
女性患者会畏寒、高热、下腹疼痛等盆腔炎症状，或外阴瘙痒、阴道黏膜充血、分泌物增多等阴道炎现象等。对于其他部位的支原体感染，最主要的表现是腹泻、呕吐等胃肠道症状及发热等全身症状，严重者会出现呼吸困难、器官功能衰竭等症状。
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