基孔肯雅热的病死率通常低于0.1%，多数患者为轻症可自行恢复，但特殊人群风险相对较高。

全球范围内，基孔肯雅热的病死率普遍处于较低水平，约0.09%至0.1%。我国病例数据表明，医疗条件较好的地区病死率更低，而医疗资源匮乏或疫情严重的区域，病死率可能略高于平均水平。病毒本身致死性较弱，绝大多数感染者在1至2周内症状缓解，仅极少数因并发症发展为重症甚至死亡。死亡案例多集中在老年人、婴幼儿及患有慢性疾病（如糖尿病、心脏病）的人群中。

特殊人群的高风险主要源于免疫系统较弱或基础疾病叠加影响。例如，老年人因身体机能衰退，感染后更易出现心肌炎、脑炎等严重并发症；慢性病患者可能因原有病情加重而增加死亡风险。尽管病死率低，但约30%-40%患者会经历数月至数年的关节疼痛，部分人可能遗留永久性关节损伤。防控措施的有效落实（如防蚊灭蚊、早期诊断）是降低死亡率的关键，尤其需关注高危人群的保护。