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不适宜做无痛肠镜的人群，有以下几种：
麻醉高危人群包括老年人、急性上呼吸道感染患者、中度贫血患者、重度高血压患者、急性心肌梗死患者、新发脑梗死患者、肺心病患者、恶性心律失常患者、严重打鼾患者、严重过敏体质患者。在麻醉过程中，上述患者容易出现血氧下降、呼吸抑制、心脏骤停、昏迷等严重并发症。
不适合做肠镜或无痛肠镜的患者。包括肛裂、肛周脓肿和重度肛门狭窄，肠镜不能入。极度虚弱、肠梗阻、电解质紊乱的患者，因为不能耐受泻药，无法完成肠镜检查。孕妇无痛肠镜容易造成流产，而女性在经期容易感染。
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