苦瓜纳豆有调节血脂、辅助降糖以及改善肠道功能等作用。

苦瓜纳豆里的纳豆部分富含纳豆激酶，该物质能够对血栓起到一定的溶解效果，使血液黏稠度降低，进而对血脂水平的调节产生助力。比如部分血脂数值较高的人群，在长时间坚持食用苦瓜纳豆后，其血液中的胆固醇与甘油三酯指标出现了下降趋势。

苦瓜自身含有的苦瓜素等成分具备降糖特性。苦瓜纳豆将两者的长处相结合，在血糖控制方面展现出积极的成效。就像处于糖尿病早期阶段的患者，在保证合理饮食与适当运动的同时，辅以苦瓜纳豆食用，其血糖的波动范围明显变小，餐后血糖升高的速率也有所减缓。

纳豆里的益生菌与膳食纤维有益于肠道微生态环境的优化，能推动肠道蠕动。对于那些长期遭受便秘困扰的人而言，食用苦瓜纳豆之后，肠道的蠕动速度加快，排便的规律性和顺畅度都得到提升，减少了宿便在肠道内部的滞留时长，对肠道健康以及身体毒素的排出均有益处，从整体上促进了身体消化与代谢机能的提升。