基孔肯雅热目前无特效抗病毒药物，治疗以对症缓解症状为主，常用药物包括解热镇痛药、非甾体抗炎药及中药辅助。

急性期发热和关节痛可选用对乙酰氨基酚（扑热息痛），其退热效果明确且出血风险较低，但需避免与其他含相同成分的药物叠加使用。若关节疼痛剧烈，可在排除登革热感染后短期使用布洛芬等非甾体抗炎药（NSAIDs），但长期服用需警惕胃肠道或出血风险。部分患者若发展为慢性关节炎，医生可能建议羟氯喹或甲氨蝶呤等免疫调节药物，需在专业指导下使用。近期佛山地区医院尝试用当归拈痛汤等中药方剂辅助治疗，临床反馈对皮疹和关节痛有一定缓解作用。

治疗期间需配合补液、休息及物理降温，如温水擦浴或冷敷。重症患者若出现脱水、血小板降低等情况，需及时就医进行静脉补液或输注血制品。预防方面，患者在发病后5天内应严格防蚊隔离，避免病毒传播。用药时需密切观察不良反应，如出现持续高热、意识模糊或出血倾向，应立即停药并寻求专业医疗帮助。