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PQQ可能间接辅助美白，但并非直接美白成分。
PQQ通过抑制黑色素生成的关键环节发挥辅助美白作用。其强大的抗氧化能力可中和紫外线诱导的自由基，减少酪氨酸酶活性达25%，降低黑色素细胞中MITF蛋白表达。实验显示，0.05%浓度PQQ能使人工皮肤模型中黑色素含量减少18%，效果弱于2%熊果苷但强于0.5%维生素C。这种作用通过保护线粒体功能实现，健康线粒体可减少促黑激素α-MSH的信号传导效率。
PQQ促进表皮细胞新陈代谢的特性可加速含有黑色素的角质细胞脱落，使皮肤表层更新周期缩短至22天（正常为28天）。人体试验中，每日口服20mgPQQ持续12周，受试者皮肤亮度值L*提升1.7个单位，色斑面积缩减15%。但需配合防晒措施才能显现效果，单独使用无法阻断紫外线直接刺激黑色素生成的生物学过程。
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