黄连素与双歧三联活菌理论上不宜同时服用，最好间隔一段时间分开使用。

黄连素是从中药黄连中提取的一种生物碱，常用于治疗由细菌感染引起的疾病，如胃肠炎、咽喉炎等。它具有较强的抗菌作用，能够有效地抑制或杀灭病原菌。然而，正是由于其强大的抗菌性能，黄连素在杀死有害菌的同时，也可能对益生菌产生不利影响。

双歧三联活菌是一种常见的益生菌制剂，主要用于调节肠道菌群平衡，改善消化功能，增强机体免疫力。益生菌通过在肠道内定植，竞争性排斥病原菌，从而达到预防和治疗某些肠道疾病的目的。然而，如果与黄连素这样的抗菌药物同时服用，益生菌的存活和定植可能会受到抑制，从而影响其疗效。

因此，为了避免黄连素对益生菌产生负面影响，建议在服用黄连素后等待一段时间再服用双歧三联活菌。具体间隔时间可以根据医嘱和个人情况而定，通常建议至少间隔两小时以上。当然，在实际应用中，最好遵照医生的指导，根据具体情况来确定用药顺序和时间间隔，以确保治疗效果最大化，同时减少不必要的副作用。