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PQQ由日本科学家在微生物酶研究中首次发现并鉴定。
1979年名古屋大学研究团队分析甲烷菌代谢机制时，在甲醇脱氢酶中分离出新型辅酶。通过质谱和核磁共振技术确认其为三羧酸吡咯并喹啉醌结构，命名为吡咯喹啉醌。该发现揭示PQQ是细菌脱氢酶的关键辅因子，推动微生物能量代谢研究进入新阶段。
2003年荷兰科学家在人类母乳中发现PQQ存在，证实其哺乳动物生理功能。2008年加州大学团队证明哺乳动物线粒体具备PQQ结合位点，阐明其促进线粒体生物发生机制。2010年日本理化学研究所解析出PQQ生物合成基因簇，完整揭示其微生物合成路径，奠定工业化生产基础。
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