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吃低聚果糖可能会产生一些副作用，但通常在正常适量食用时较为少见。
过量摄入低聚果糖易引发肠胃不适。低聚果糖不能被人体小肠消化，会进入大肠被细菌发酵。摄入过多时，发酵产生大量气体，导致腹胀、腹痛。同时，发酵生成的短链脂肪酸会增加肠道渗透压，使肠道水分增多，进而引起腹泻。比如一些人在大量食用添加低聚果糖的食品后，就出现了频繁跑厕所、肚子咕噜叫的情况。
部分人可能对低聚果糖敏感，即使正常剂量也可能出现不适反应。这类人肠道菌群对低聚果糖的代谢能力较弱，食用后肠道内环境改变，刺激肠道黏膜，出现类似消化不良的症状，如恶心、呕吐等。
长期大量食用低聚果糖，还可能影响肠道正常菌群平衡。虽然它能促进有益菌生长，但过度刺激可能打破肠道菌群原有的稳定状态，影响肠道对营养物质的吸收和消化功能。不过，只要控制好摄入量，大部分人还是能较好耐受低聚果糖的。
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