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多数急性肠胃炎可以自愈。
病毒性或轻度细菌性肠胃炎通常3-5天自愈。病毒入侵后人体免疫系统会启动清除机制，配合口服补液盐纠正脱水即可恢复。发病初期暂停固体饮食，采用米汤、苹果泥等易消化食物减轻肠道负担。体温低于38.5℃且每日腹泻少于5次时，多数患者通过充分休息和电解质补充能自然康复。
出现血便、持续呕吐、高烧39℃以上或意识模糊必须就医。志贺菌、沙门氏菌等病原体感染可能引发脓毒症，需抗生素治疗。婴幼儿眼窝凹陷、皮肤弹性差提示重度脱水，静脉补液可避免休克风险。糖尿病患者腹泻超过24小时易出现酮症酸中毒，应及时检测血糖和血酮。自行服用止泻药可能延缓毒素排出，蒙脱石散需与抗生素间隔2小时使用。
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