目前针对PQQ的研究表明，它被认为是一种相对安全的补充物，并没有报道出严重的副作用或危害，只要严格按照说明书的用法用量进行服用，基本是很安全的。但是有些人吃了之后可能会出现轻度的胃肠道不适，如恶心、腹泻、胃灼热感；以及可能的过敏反应。然而，这些副作用在绝大多数人中都非常罕见。
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