适量的应用深海由于没有什么副作用，大剂量的用由于其富含维生素A，所以容易产生该种维生素的中毒。还有一般情况下，每天服不超过3克的情况下，对大多数人(包括孕妇和哺乳期妇女)来说都是安全的，不会出现任何深海鱼油的副作用。 服用深海鱼油剂量过高，会导致血液不易凝结，增加出血的风险。可能会出现的深海鱼油的副作用有：嗳气，口臭，胃灼热，恶心，稀便，皮疹和流鼻血。随餐服用深海鱼油补充剂，往往可以减少这些副作用的产生。某些鱼类，特别是鲨鱼、鲭鱼和养殖鲑鱼，可能会受到汞和其他化学品的污染。因此，选择鱼油类补充剂时，要选择纯度高，提取自深海无污染鱼类的鱼油产品。