1.线粒体生物合成：PQQ被认为参与调节线粒体的生物合成，包括线粒体蛋白和DNA的合成。通过促进这些生物合成过程，PQQ可能有助于维持线粒体的正常结构和功能。
2.抗氧化保护：PQQ具有强大的抗氧化性质，可以中和自由基并减少氧化应激对线粒体的损伤。线粒体是产生大量自由基的地方，因此受到氧化应激的威胁。PQQ的抗氧化作用可保护线粒体免受损伤，维持其功能和能量产生能力。
3.细胞能量代谢：线粒体是细胞内ATP产生的主要场所。PQQ被认为与细胞能量代谢过程有关，可能通过调节线粒体的功能和ATP合成过程来提供细胞所需的能量支持。
4.线粒体呼吸链：线粒体呼吸链是产生ATP所需的关键过程之一。初步研究表明，PQQ可能与线粒体呼吸链的活性和效率有关，有助于优化能量产生过程。