大豆异黄酮在年幼女性体内也表现出雌激素活性，因此可以促进幼女性早熟。而且，大豆异黄酮可以通过胎盘进入胎儿体内，通过乳汁进入婴儿体内，因此，如果孕妇或者乳母补充大量大豆异黄酮，这些物质可以间接进入胎儿或婴儿体内，其雌激素样作用可能会促进女性胎儿或者女婴的异常发育(如乳腺和子宫内膜异常增生)。虽然这些不良作用尚未在人类中证实，但是国内外许多研究者都已经利用大鼠实验证实了这种不良作用。因此，孕妇、哺乳期妇女以及年幼女性在正常膳食情况下不要补充大豆异黄酮。