不同的动物种属不同的组织器官虾青素分布不同，三文鱼的皮肤、鱼鳞、鱼籽以酯化态的虾青素为主，游离态的虾青素主要分布在肌肉、血浆和内脏器官。小虾体内以酯化虾青素为主。海鲤主要以酯化虾青素为主，主要在皮肤上。酯化的虾青素是储存在体内的更加稳定未被氧化过的虾青素。雨生红球藻中主要就是酯化的虾青素，被公认为自然界中生产天然虾青素最好的生物。天然虾青素虽然存在多种生物体内，如虾壳、蟹壳、红色酵母菌内但含量均很低，提取工艺复杂。