深海鱼油的主要功能为降低胆固醇，预防血管疾病。EPA被称为“血管清道夫”，它具有疏导清理心脏血管的作用，从而防止多种心血管疾病。 而DHA是大脑细胞形成发育及运作不可缺少的物质基础，同时也能对活化衰弱的视网膜细胞有帮助，从而起补脑健脑以及提高视力，防止近视眼的作用。
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