酸奶及超市售益生菌饮料是非常好的食品，对食用者健康有益，但如果期望这些食物有更确切的健康功效，有一定难度。当需要改善免疫或消化问题时，选择有SFDA功效认证的健康保健产品更有保证。另外，液态状态中的益生菌对贮藏和运输的要求较高，通常离出厂日期越近的产品可能含有较多的活菌数，而液体的益生菌产品通常保质期较短而且活性益生菌数量较少，液体培养基内的益生菌在保质期内还可能发生菌种变异。