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基孔肯雅热通常具有自限性，多数患者无需特殊治疗即可在数周内恢复。
病毒感染后，人体免疫系统会逐步清除病毒，症状多在7-10天内缓解。但关节疼痛可能持续2-3个月，部分患者出现慢性关节炎样表现。约10%感染者因持续性疼痛影响日常生活，需长期康复管理。老年人、孕妇及免疫力低下者更易发展为重症，可能出现心肌炎、脑炎等并发症，需及时就医干预。
目前尚无针对该病毒的特效抗病毒药物，治疗以对症支持为主，包括退热、止痛及补液措施。预防蚊虫叮咬和控制蚊媒密度是关键防控手段。患者康复后可获得一定免疫力，但病毒存在变异可能，无法完全排除反复感染风险。若出现持续高热或神经症状，建议立即寻求专业医疗评估。
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