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肠道菌群失调可通过综合调理完全恢复。
急性菌群失调如抗生素相关性腹泻，通过停用抗生素并补充特定益生菌（如布拉氏酵母菌、鼠李糖乳杆菌），2-4周内多数患者能恢复正常。慢性失调如肠易激综合征伴随的菌群紊乱，需采用低FODMAP饮食联合多菌株益生元治疗3-6个月，同时检测肠道短链脂肪酸水平调整方案。
恢复过程中需避免高脂高糖饮食，每日摄入30克以上膳食纤维促进有益菌增殖。发酵食品如酸奶、泡菜建议选择含活菌量＞1×10^8CFU/g的产品。药物治疗需配合消化酶改善吸收，重度失调者可采用噬菌体疗法靶向清除致病菌。定期检测肠道菌群多样性指数，维持拟杆菌门与厚壁菌门比例在0.8-1.2之间，双歧杆菌占比应高于15%以确保持续稳定。
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