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基孔肯雅热与登革热症状存在相似性，但关键区别在于关节疼痛特征和出血表现。
两种疾病均以突发高热、剧烈头痛、肌肉酸痛为主要表现，伴随乏力、结膜充血等非特异性症状。发热通常持续2至7天，部分患者出现淋巴结肿大。皮疹方面都可能出现斑丘疹，但基孔肯雅热的皮疹更倾向躯干和四肢，而登革热常伴有手掌脚底红斑。
核心差异体现在关节症状和出血风险上。基孔肯雅热患者多表现为对称性多关节剧烈疼痛，常见指关节、腕关节受累，疼痛可持续数周甚至数月。登革热虽可出现关节痛，但程度较轻且多与肌肉痛并存。出血倾向是登革热重要鉴别点，可能出现皮肤瘀斑、牙龈出血、鼻衄等症状，严重者发展为登革出血热。临床诊断需结合流行病学史、实验室检测（如NS1抗原、特异性抗体）进行区分。
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