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基孔肯雅热通常可自愈，但部分患者可能遗留长期关节疼痛。
多数感染者在发病1至2周内症状逐渐消退，高热、皮疹和急性关节痛会自行缓解，无需特殊治疗即可恢复。例如，佛山市报告的超千例病例中，所有患者均为轻症且短期内自愈。病毒潜伏期后出现的典型症状（如发热、关节疼痛）通常在一周左右达到高峰，随后逐步减轻。此期间建议卧床休息、补充水分，并通过退烧药或止痛药缓解不适。
尽管多数人能完全康复，但约10%-20%的患者可能发展为慢性关节痛，疼痛持续数月甚至数年，需长期管理。此类情况可采用非甾体抗炎药（如布洛芬）控制炎症，严重时需配合物理治疗或抗风湿药物（如甲氨蝶呤）。若出现神经系统并发症（如脑炎），则需住院治疗。此外，部分老年人或免疫力低下者可能因病毒引发更复杂的后遗症，需密切观察并及时就医。
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