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基孔肯尼雅热主要通过伊蚊叮咬传播，具体依赖埃及伊蚊和白纹伊蚊。
病毒在感染者或隐性携带者血液中形成高滴度病毒血症后，伊蚊叮咬这些人群时会将病毒摄入体内。病毒在蚊体内存活并繁殖，约需2至10天的外潜伏期后，随蚊子唾液腺扩散至叮咬对象，完成传播循环。白纹伊蚊因适应性更强，已成为温带地区的主要传播媒介，而埃及伊蚊多分布于热带区域。两者均偏好清洁积水作为孳生地，活动高峰集中在清晨和傍晚。
除伊蚊叮咬外，实验室环境下存在气溶胶传播的可能性，但尚未发现人际直接传播的病例。母婴垂直传播在分娩时母亲处于病毒血症期时可能发生，可能导致新生儿脑炎等严重后果。患者感染后7天内具有传染性，非人灵长类动物也可作为病毒宿主参与传播链。防控核心在于切断伊蚊孳生环境，避免蚊虫叮咬。
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