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男性尿结石的形成，主要源于代谢异常以及泌尿系统的局部因素。
代谢异常是关键因素之一。当身体内钙、磷、草酸等物质的代谢产生问题时，结石便容易形成。例如，若体内钙的摄入量过多或排出量减少，钙就会在尿液中沉淀。倘若此时草酸的摄入也较多，草酸钙结石便极有可能形成。尿酸代谢异常也是原因之一，当血液中尿酸水平过高，尿酸盐在尿液中处于过饱和状态并析出，尿酸结石便会形成。此外，部分疾病会对代谢产生影响，如甲状旁腺功能亢进，它会致使血钙升高，进而加大结石形成的风险。
泌尿系统的局部因素同样不可小觑。若男性泌尿系统存在梗阻情况，像输尿管狭窄或前列腺增生，会造成尿液排出受阻，尿液在局部积聚，其中的成石物质便易于沉淀，从而形成结石。泌尿系统感染也可能引发结石。细菌会分解尿液中的尿素，产生氨，使尿液碱化，这有利于磷酸盐等物质在碱性环境中沉淀，进而形成结石。
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