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PQQ与中药可同时服用。
吡咯喹啉醌作为新型抗氧化剂，与多数补气养血类中药无明确冲突。建议与中药汤剂间隔1小时服用，避免鞣酸、生物碱等成分影响吸收。含重金属的朱砂、雄黄等矿物类中药，可能通过氧化还原反应降低PQQ生物活性。与活血化瘀类中药联用时，需监测凝血指标，动物实验显示高剂量PQQ可能轻微延长凝血时间。
特定配伍需谨慎。含强心苷的中药如夹竹桃科药物，与PQQ联用可能增强心肌细胞线粒体负荷。正在服用抗癫痫中药的患者，PQQ的神经兴奋作用可能影响药效稳定性。建议首周从5mg剂量开始测试耐受性，服用后2小时内避免饮用浓茶。药材煎煮过程中挥发的油性物质可能包裹PQQ分子，降低肠道吸收率20-30%，肠溶型制剂受影响更明显。
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