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慢性肠炎规范治疗需3-6个月，部分患者需长期管理。
慢性肠炎的治疗周期与病因密切相关。感染性肠炎经抗生素和肠道菌群调节，通常8-12周可见明显改善。自身免疫性肠炎需持续服用美沙拉嗪等药物，至少维持治疗半年以上。黏膜修复需要时间，即便症状消失后，仍需坚持3个月低脂低纤维饮食巩固疗效。治疗期间每月复查便常规和肠镜，根据炎症指标调整用药方案。
患者依从性直接影响康复速度。严格戒烟酒、规律作息可缩短30%恢复周期。持续压力或情绪波动会使肠道神经敏感度上升，导致病程延长。合并肠道菌群失调者需配合特定益生菌补充6-8周。约15%患者因基因易感性转为慢性迁延型，这类人群需终身注意饮食禁忌，每年进行预防性肠镜检查。
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