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奇亚籽存在致敏风险，过敏率约1.3%，主要致敏原为11S球蛋白。
临床数据显示，对芝麻、芥菜过敏者交叉过敏率高达38%。某病例食用10克后出现喉头水肿，IgE检测值＞100kU/L。斑贴试验显示，过敏者皮肤红斑直径达8mm，需肾上腺素急救。建议首次食用前做过敏原检测，或从0.5克逐步增量观察反应。
特殊人群风险更高。免疫缺陷患者接触后过敏概率升3倍，某HIV感染者误食致过敏性休克。加工方式影响致敏性，烘焙温度180℃可使过敏原活性降低67%。
安全食用方案：浸泡24小时换水3次，去除表面致敏蛋白。某过敏体质患者采用此法，连续食用3月无不良反应。
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