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甲流患者咳嗽，主要是因病毒对呼吸道产生刺激所致。
甲流病毒侵入人体呼吸道后，会在呼吸道黏膜上迅速大量繁殖。受此影响，呼吸道黏膜随即引发炎症反应，变得红肿且敏感。由于黏膜状态改变，其下方的神经末梢受到刺激，一旦身体接收到这类刺激信号，便会即刻启动咳嗽反射。
此外，炎症还会致使呼吸道生成过量分泌物，也就是痰液。痰液在呼吸道内逐渐堆积，阻碍气体正常流通。它们持续刺激呼吸道，为维持呼吸道畅通，身体就会借助咳嗽这一动作，将痰液排出体外。可见，甲流患者出现咳嗽症状，实则是身体自我保护机制运行的体现。
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