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慢性肠炎部分类型可实现临床治愈。
感染性慢性肠炎如结核性肠炎，经规范抗结核治疗6-9个月后多能根治。但自身免疫性肠炎如克罗恩病，目前尚无根治手段，需长期使用免疫抑制剂控制炎症。肠易激综合征伴发的功能性肠炎，通过饮食调整和肠道菌群修复，70%患者症状可完全消失。溃疡性结肠炎达到黏膜愈合且3年无复发，可视为临床治愈，但终身复发风险仍存在。
治疗方案需结合肠镜病理结果制定：淋巴细胞性肠炎需消除麸质摄入，多数患者8周内症状消退；显微镜下结肠炎常用布地奈德缓释剂治疗。维持期建议采用低FODMAP饮食，每日补充500亿CFU的益生菌。定期复查钙卫蛋白指标，数值持续低于50μg/g提示炎症控制良好。病程超过10年者需每年肠镜监测，预防异型增生癌变。
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