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慢性肠炎通常无法自行痊愈，需规范治疗与长期管理。
慢性肠炎多由持续感染、免疫异常或饮食刺激等因素引起，肠道黏膜长期处于炎症状态会导致吸收功能下降和溃疡形成。细菌或寄生虫感染引起的肠炎若不彻底清除病原体，症状可能暂时缓解但易反复发作；自身免疫性肠炎如溃疡性结肠炎，必须通过药物控制免疫反应才能阻止病情进展。
部分轻度慢性肠炎在消除诱因后症状可能减轻，如停止饮酒、避免辛辣食物或缓解精神压力。但肠道结构改变如绒毛萎缩、纤维化等不可逆损伤仍需医疗干预。患者若出现持续腹泻超过一个月、黏液脓血便或夜间腹痛，必须进行肠镜和病理检查。规范使用氨基水杨酸制剂、益生菌并结合低渣饮食，多数患者可有效控制炎症。
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