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肠道菌群失调建议服用益生菌制剂，配合益生元效果更佳。
临床常用药物包括双歧杆菌三联活菌、布拉氏酵母菌等，需根据症状选择菌株类型。腹泻为主时优先选用布拉氏酵母菌或鼠李糖乳杆菌，便秘倾向者适合双歧杆菌联合低聚果糖。抗生素相关菌群失调需间隔2小时服用布拉氏酵母菌，避免活性菌被抗生素灭活。疗程通常需持续4-8周，冷藏保存的活菌制剂饭前服用存活率更高。
严重失调需联合使用益生元与合生元。水溶性膳食纤维（如菊粉、低聚半乳糖）能促进原生菌群增殖，建议每日摄入10-15克。反复发作的艰难梭菌感染可考虑粪菌移植，有效率可达90%。药物治疗期间需配合高纤维饮食，避免高脂高糖食物破坏菌群平衡。症状缓解后仍需维持3个月巩固期，逐步建立稳定菌群环境。
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