基孔肯雅热的诊断需结合流行病学史、典型症状及实验室检测结果，重点通过抗体检测和病毒核酸检测确认。

医生会优先评估患者是否曾到过疫区或近期有蚊虫叮咬史，同时观察是否出现突发高热（38℃以上）、剧烈关节痛（以手腕、踝关节为主）及皮疹等症状。若具备上述临床表现，即可初步判断为疑似病例。确诊则依赖实验室检查：发病早期（1-7天内）通过RT-PCR检测血液中的病毒RNA；发病后1周左右，检测血清中特异性IgM抗体，或通过恢复期与急性期双份血清IgG抗体滴度4倍以上升高来辅助诊断。病毒分离培养虽准确性高，但因操作复杂、耗时长，临床较少使用。

由于基孔肯雅热与登革热、寨卡病毒病等症状相似，需通过实验室检测排除交叉感染。例如，登革热常伴随血小板减少，而基孔肯雅热以关节痛持续时间长为特征。广东省疾控中心建议，若患者在蚊虫活跃季节出现相关症状，应立即就医并提供旅行史或蚊虫接触史。此外，孕妇、老年人等高风险人群需加强监测，因其可能发展为慢性关节炎或并发严重并发症。