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基孔肯尼亚病毒与艾滋病病毒（HIV）完全不同，两者在病原体类型、传播方式及致病机制上存在本质差异。
基孔肯雅病毒属于披膜病毒科，主要通过伊蚊叮咬传播，典型症状为高热、关节痛和皮疹，一般不会导致免疫系统崩溃。而艾滋病病毒（HIV）是逆转录病毒科成员，通过血液、性接触或母婴途径传播，会破坏人体CD4+T淋巴细胞，引发免疫缺陷综合征。两种病毒的基因组结构、复制机制及对宿主的影响均无关联。目前基孔肯雅热尚无特效药，但多数患者可自愈；艾滋病则需终身抗病毒治疗。
近期广东佛山疫情中，基孔肯雅热病例数激增，但未发现与HIV感染相关联的报道。公众无需因名称相似产生混淆，日常防护重点应放在防蚊措施上。若出现持续发热、不明原因消瘦等症状，应及时就医并明确检测项目，避免自行诊断延误治疗。
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