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幽门螺杆菌可引发消化系统疾病、全身性并发症及癌变风险。
幽门螺杆菌主要破坏胃部生态环境，诱发慢性胃炎、胃溃疡及十二指肠溃疡。细菌通过分泌尿素酶中和胃酸，附着胃黏膜释放毒素破坏屏障功能，导致上腹疼痛、反酸嗳气及食欲减退。长期感染可使胃黏膜反复损伤修复，形成萎缩性胃炎和肠上皮化生，成为胃癌前病变。部分患者发展为胃黏膜相关淋巴组织淋巴瘤，表现为体重骤降和消化道出血。
该菌引发的全身性并发症涉及多系统。口腔内定植导致顽固性口臭和牙周病，毒素经血液循环引发缺铁性贫血和特发性血小板减少。幽门螺杆菌代谢产物刺激血管内皮，促进动脉粥样硬化斑块形成，增加冠心病及脑卒中风险。部分患者出现皮肤病变如荨麻疹、湿疹，以及甲状腺功能异常和类风湿性关节炎，与交叉免疫反应相关。
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