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急性肠胃炎可能导致脱水、电解质紊乱，慢性肠胃炎可能引发营养不良及并发症。
急性肠胃炎发作时频繁呕吐腹泻会导致体液大量流失，引发脱水及钠、钾等电解质失衡，严重时可出现低血容量性休克。儿童及老年人因调节能力较弱，可能出现意识模糊、心率失常等危险症状。细菌性肠胃炎若未及时治疗，病原体可能侵入血液引发败血症，沙门氏菌感染还可能导致反应性关节炎等后遗症。
慢性肠胃炎长期损伤消化道黏膜，影响营养吸收导致贫血、消瘦、维生素缺乏。克罗恩病等炎症性肠病可能引发肠梗阻、肠穿孔等急症，反复溃疡愈合还会增加肠癌风险。幽门螺杆菌引起的慢性胃炎可能发展为胃溃疡甚至胃癌。病程超过3个月的肠胃炎患者，建议通过胃肠镜评估黏膜损伤程度，避免不可逆的器官功能损害。
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