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基孔肯雅病毒感染的急性症状通常持续7至10天，但关节疼痛可能迁延数月。
病毒潜伏期为3至7天后，患者出现突发高热、剧烈头痛和肌肉疼痛，伴随特征性关节肿痛。多数患者在发病第3至5天体温下降，但关节症状持续时间差异较大。约60%的感染者关节疼痛可于2个月内缓解，少数病例疼痛可持续6个月以上。皮疹一般在发病后第2至5天出现，多为自限性，无需特殊处理。
恢复期需注意避免剧烈运动加重关节负担，部分患者因长期疼痛影响日常活动。慢性关节炎患者可能需要非甾体抗炎药控制症状，但需在医生指导下使用。免疫力低下者病程可能延长，建议定期复查血常规和炎症指标。预防继发感染是关键，搔抓皮疹后可用碘伏消毒，保持皮肤清洁干燥有助于缩短病程。
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