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基孔肯雅热总体预后良好，但部分人群可能发展为重症或遗留长期关节损伤。
多数患者感染后表现为轻中度症状，病程约1-2周，体温正常后皮疹和关节痛逐渐缓解。世界卫生组织数据显示，该病死亡率低于1%，但孕妇、老年人及患有慢性基础疾病者风险较高。重症病例可能出现持续高热、意识障碍、消化道出血或急性肾损伤，需住院治疗。病毒引发的免疫反应还可能导致部分人出现慢性关节炎，表现为关节肿胀、活动受限，影响日常生活质量。
疾病的严重性与病毒毒株类型及个体免疫力密切相关。印度洋型病毒株较非洲型更易引发严重症状，且感染后抗体交叉保护效果有限，不同亚型病毒重复感染可能加重病情。目前尚无特效治疗手段，主要依靠对症支持疗法。若出现持续剧烈疼痛、关节畸形或反复发热超过2周，需及时就医排查并发症。日常防护重点在于防蚊灭蚊，切断传播链是降低重症发生率的关键。
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