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PQQ需避光、防潮、低温保存以维持活性，开封后需密封并减少暴露。
PQQ作为水溶性辅酶对光热敏感，建议原包装储存在阴凉干燥处，温度控制在15-25℃。未开封的PQQ胶囊或粉剂应置于避光盒中，避免靠近暖气或厨房等湿度高的区域。例如，夏季高温时可存放于药品冷藏箱（4-8℃），但需用密封袋包裹防潮。片剂需配合干燥剂保存，每次取用后立即旋紧瓶盖，开封后建议6个月内用完，防止氧化降解。
液态PQQ需更严格保存条件。滴剂类产品使用深色玻璃瓶存放，每次滴取后擦拭瓶口残留液体，避免微生物污染。若为自制PQQ溶液，需添加维生素C或NAC等抗氧化剂延长稳定性，冷藏保存不超过72小时。日常携带建议用便携药盒分装单次用量，避免整体包装反复开合。正确保存下，PQQ可维持98%以上活性成分，确保其在改善线粒体功能和神经保护方面的效用。
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