PQQ主要通过微生物发酵法和化学合成法两种方式提炼出来。

在微生物发酵法中，科学家会选择能够大量合成PQQ的特定微生物，比如甲基杆菌属、甲基单胞菌属等，利用这些微生物进行高密度发酵。发酵完成后，会将发酵液使用亲水性阴离子交换剂吸附，之后经过洗涤、洗脱步骤，再通过真空浓缩干燥得到PQQ粗品。为了进一步纯化，还会对粗品进行重结晶处理，以去除其中超过70%的盐分，最终获得较为纯净的PQQ。这种方法模仿了自然界中PQQ的生成过程，具有较高的生物安全性。

另一种方法是化学合成，这种方式是在实验室条件下，通过一系列精确控制的化学反应来制造PQQ。相比发酵法，化学合成可以更精确地控制产物的质量与纯度，但可能涉及较为复杂的工艺流程和成本问题。无论是哪种方法，都需要严格的质量控制，以确保最终产品的安全性和有效性。随着技术进步，这两种方法都在不断优化，以满足市场对于PQQ日益增长的需求。