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低聚果糖和低聚半乳糖在来源、成分及功能方面存在差异。
来源上，低聚果糖主要从菊苣、菊芋等植物中提取加工获得。低聚半乳糖通常经乳糖酶解反应制备，自然界中人乳含有天然低聚半乳糖。
成分而言，低聚果糖由果糖分子通过特定糖苷键连接构成低聚糖。低聚半乳糖则由半乳糖和葡萄糖以β-1,4糖苷键连接形成。
功能上，二者均有益生元作用，能促进肠道有益菌生长。但低聚半乳糖更接近母乳低聚糖成分，对婴儿肠道菌群调节作用突出，利于婴儿肠道健康发育。低聚果糖除调节肠道菌群外，在改善便秘、降低血脂等方面也有一定功效。总体，二者虽都有益肠道，但具体应用场景与功效侧重不同。
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