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常见水果按植物分类可划分为蔷薇科、芸香科、芭蕉科等。
蔷薇科包含苹果、梨、山楂、樱桃等，这些水果通常具有五瓣花结构，果肉多汁且种子外包裹坚硬果壳。芸香科代表如柑橘、柚子、柠檬，其果实表皮含挥发油腺体，果肉分瓣排列并富含维生素C。芭蕉科水果包括香蕉、大蕉、红毛丹，均为热带植物，果实呈长条形，果皮内侧有黏液层。
其他分类如无患子科的荔枝、龙眼，其种子被半透明假种皮包裹；葡萄科的葡萄和山葡萄，果肉含大量汁液且种子小而软。浆果类水果如番茄、蓝莓同属茄科，果实柔软多汁但形态差异较大。了解水果科属有助于判断其生长习性，例如蔷薇科多耐寒，芭蕉科需高温高湿环境。
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