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吡咯喹啉醌是水溶性化合物，其钠盐形式具有更高的溶解稳定性。
吡咯喹啉醌分子结构中含三个羧酸基团和邻位醌基，赋予其良好的亲水性。基础实验数据显示，纯PQQ在25℃水中溶解度为3g/L，相当于约9.09mM浓度。在生理缓冲液中溶解度略微下降至1mg/mL，但仍保持有效生物利用度。这种水溶特性使其在细胞质和体液中能快速扩散，直接参与氧化还原反应。
实际应用中常采用钠盐形式提升溶解性。吡咯喹啉醌二钠盐的溶解浓度可达纯PQQ的3倍，在同等体积溶剂中形成更稳定的水溶液体系。实验配制时需注意pH调控，中性条件下溶解度最佳，强酸或强碱环境会引发分子内酯化反应，降低有效浓度。该特性使其适合制备口服液或注射液，但需避光保存以防止醌基光解。
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