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甲型流感的症状通常在第3至5天最为严重。
感染甲型流感的初期，也就是感染后的1到2天，病毒在体内迅速大量复制。与此同时，身体免疫系统启动防御机制，此阶段症状相对较轻，主要表现为轻微发热、乏力等。随着时间进展，到第3至5天，病毒繁殖达到高峰，对机体的侵袭作用最强，免疫系统与病毒的对抗也最为激烈。此时，患者往往会出现高热不退的情况，体温可能持续维持在39℃甚至更高，同时伴有剧烈头痛、全身肌肉酸痛，身体极度乏力，严重影响正常行动和日常生活。咳嗽、咳痰等呼吸道症状也会显著加重，部分患者还可能出现呼吸急促等较为严重的症状。
第5天之后，若未出现并发症，多数患者的身体免疫系统逐渐发挥主导作用，开始有效清除病毒，症状随之逐渐减轻，身体进入恢复期。当然，具体恢复情况会因个体免疫力、是否及时治疗等因素有所差异。
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