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辅酶Q10可能引发胃肠道反应和药物相互作用，孕妇、肝病患者及服用特定药物者禁用。
辅酶Q10常见副作用集中在消化系统，约10%-20%的服用者会出现恶心、腹泻或胃部灼烧感。其脂溶性结构容易刺激胃黏膜，空腹服用时症状更明显，长期使用可能导致食欲减退和慢性腹痛。部分人群可能产生皮疹或皮肤瘙痒等过敏反应，严重时伴随呼吸急促。头痛和失眠在少数案例中被报告，可能与辅酶Q10影响细胞能量代谢相关神经递质有关。
药物禁忌需重点关注三类人群。正在服用华法林等抗凝药物的患者，辅酶Q10可能削弱药物抗血栓效果，增加出血风险。服用他汀类降脂药的人群需谨慎，辅酶Q10虽能缓解他汀引起的肌痛，但可能干扰药物代谢。孕妇和哺乳期妇女缺乏安全数据支持，未成年人因代谢系统未成熟应禁用。肝功能异常者因胆汁排泄障碍易导致药物蓄积，可能加重肝脏损伤。
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