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慢性肠炎不及时治疗可能引发严重并发症，需规范管理但无需过度恐慌。
慢性肠炎长期存在会逐步损伤肠道功能。持续炎症可能导致肠黏膜溃疡、肠壁纤维化，增加肠梗阻或穿孔风险。反复腹泻影响营养吸收，可能引发贫血、骨质疏松等全身性问题。但通过肠镜监测和规范用药，80%患者可控制病情发展，关键在出现黏液血便、持续腹痛症状时及时就诊，避免滥用止泻药掩盖病情。
科学管理能显著降低危害。确诊后需每6-12个月进行粪便钙卫蛋白检测和肠镜复查，炎症活动期采用美沙拉嗪等药物控制。饮食需避免高纤维、乳制品及辛辣刺激，急性发作期采用低渣饮食。保持每日7小时睡眠和适度运动可调节肠道菌群平衡。需注意区分功能性肠病与器质性病变，肠易激综合征等非炎症性疾病虽症状相似，但治疗方案和预后截然不同。
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