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PQQ主要通过微生物发酵法生产，结合菌株选育与工艺优化实现高效制备。
PQQ的生产核心依赖于特定微生物的发酵能力，如脱氮生丝微菌、扭脱甲基杆菌等甲基营养菌。这些菌株通过天然代谢途径合成PQQ，其生物合成涉及pqq基因簇编码的酶催化反应，将前体肽逐步转化为成熟PQQ。发酵过程中采用两阶段供氧、半连续发酵或恒浊法连续发酵等策略，既能延长菌体稳定期，又能降低甲醇消耗成本。
分离纯化是PQQ生产的关键环节。发酵液经微滤、超滤去除杂质后，利用大孔树脂吸附或超分子溶剂萃取技术高效富集PQQ，再通过反萃取、冷冻干燥获得高纯度产物。近年来，基于SUMO融合表达系统的重组前体肽体外转化技术进一步降低了酶促合成成本。
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