灵芝孢子粉在正常情况下不会产生副作用，但有些人对灵芝过敏。食用后易出现咳嗽、哮喘等呼吸道过敏症状，甚至可能引起呼吸困难，还可能引起皮肤黏膜水肿。重症患者可能会有咽喉水肿、无法正常呼吸等副作用。灵芝孢子粉可能会影响消化道，所以胃炎患者，尤其是胃溃疡患者，不宜使用灵芝孢子粉，否则容易引起出血或穿孔。