首先两者全是中药方剂，他们的差别有：
1、特性不一样：牛黄上清片为片剂，去除薄膜包衣后显深褐色至深褐色，气微香，味凉、苦；上清丸为深褐色的大蜜丸，气香，味涩、有点苦、略辛凉。
2、成份不一样：牛黄上清片有人工牛黄、香薄荷、黄菊花、荆芥穗、白芍、羌活、山栀子、黄芩、地榆、柴胡、黄连、莲翘等；上清丸有黄菊花、香薄荷、白芍、荆芥、抗风、橘梗、莲翘、山栀子、柴胡、地榆、黄连。
3、适用范围不一样：牛黄上清片适用湿毒内热、风热拉涨而致的头疼晕眩、眼赤耳呜、咽喉疼痛、口腔上火、牙龈肿胀、排便燥结；上清丸适用上焦积热、喉肿痛疼、鼻干口苦口臭、口腔上火。