灭活疫苗最主要的缺点是接种次数相对较多，患者需要连续接种2~3次，接种的量也是比较大的。此外灭活疫苗仅仅能够引起体液免疫，它的免疫应答类型相对单一一些，它免疫维持的时间也相对较短，维持时间大约在半年左右。部分患者在接种灭活疫苗之后还有可能会出现不良反应，比如发热、局部肿痛、全身肿痛等，当然这些不良反应都会慢慢消失。